PCR digitale con partizione virtuale per applicazioni di conteggio cromosomico ad alta precisione

È stato sviluppato un prototipo di un sistema per il rilevamento di agenti patogeni infettivi della polmonite umana basato sulla PCR a trascrizione inversa in fase solida multiplex (RT-PCR). I primer sono stati progettati per identificare il DNA di sei ceppi di patogeni della polmonite batterica e l’RNA di due patogeni virali della polmonite: influenza A e SARS-CoV-2. L’accumulo di segnale di primer immobilizzati allungati si verifica a causa dell’incorporazione di nucleotidi marcati in modo fluorescente nella catena.
Il segnale viene rilevato dopo che tutti i componenti della miscela sono stati rimossi, il che riduce significativamente il segnale di fondo e aumenta la sensibilità dell’analisi. L’uso di un rilevatore specializzato consente di leggere i segnali dei primer allungati direttamente attraverso la pellicola di copertura trasparente della camera di reazione. Questa soluzione è progettata per prevenire la contaminazione incrociata ed è adatta per il test simultaneo di un gran numero di campioni di prova. La piattaforma proposta è in grado di rilevare la presenza di diversi patogeni della polmonite in un campione e ha un’architettura aperta che consente l’espansione della gamma di batteri e virus patogeni rilevabili.

Fattori clinici e di laboratorio nella previsione della mortalità tra i pazienti positivi alla RT-PCR COVID-19: uno studio osservazionale retrospettivo da un centro di assistenza terziaria

 

Contesto: Nei pazienti con malattia da coronavirus 2019 (COVID-19), la stratificazione del rischio basata sulla presentazione clinica, sulla comorbidità e sui parametri di laboratorio combinati è essenziale per fornire un’adeguata, intervento tempestivo basato sulle condizioni di un individuo per prevenire la mortalità tra i casi.
Metodi: è stato condotto uno studio osservazionale retrospettivo da giugno a ottobre 2020, includendo tutti i non sopravvissuti alla reazione a catena della polimerasi della trascrizione inversa (RT-PCR) positivi al COVID-19 e sopravvissuti del gruppo di controllo selezionati casualmente dopo la corrispondenza per età e sesso. Le informazioni cliniche e demografiche sono state raccolte dalle cartelle cliniche. Le variabili categoriali sono state espresse per frequenza e percentuale. Per esplorare i fattori di rischio associati alla mortalità, sono stati utilizzati modelli di regressione logistica univariata e multivariabile.
Risultati e discussioni: Sono stati analizzati tutti i non sopravvissuti (n = 100) e 100 sopravvissuti (su 1.018). Il genere maschile (67,4%) era il fattore di rischio indipendente per l’infezione da COVID-19. Il gruppo di età avanzata, il diabete, le comorbilità cardiovascolari, neurologiche e ipertensive erano statisticamente associate alla mortalità. L’arresto cardiaco e il danno renale acuto (AKI) sono state le complicanze più comuni. La mortalità è significativamente associata alla linfopenia e all’aumento della lattato deidrogenasi (LDH), come dimostrato da probabilità più elevate.
Inoltre, anche i neutrofili, i monociti, l’aspartato aminotransferasi (AST), la creatinina sierica, l’interleuchina 6 (IL-6) e la proteina C-reattiva (CRP) sono significativamente associati alla mortalità. Le cause più comuni di morte sono state l’insufficienza respiratoria (84%) e la sindrome da distress respiratorio acuto (77%). Dei non sopravvissuti, il 92% ha ricevuto corticosteroidi, il 63% ha ricevuto ossigenoterapia con cannula nasale ad alto flusso, il 29% ha ricevuto ventilazione meccanica e il 29% ha ricevuto tocilizumab.
Conclusione: Il monitoraggio seriale di neutrofili, linfociti, D-dimero, procalcitonina, AST, LDH, CRP, IL-6, creatinina sierica e albumina potrebbe fornire un metodo affidabile e conveniente metodo per classificare e prevedere la gravità e gli esiti dei pazienti con COVID-19.
Parole chiave: sindrome da distress respiratorio acuto [ards]; caratteristiche cliniche e di laboratorio; comorbilità; malattia da coronavirus (covid-19); predittori di mortalità.

Genetica di popolazione del virus cycas necrotic stunt e sviluppo della diagnostica RT-PCR multiplex

Il virus Cycas necrotic stunt (CNSV) ha una vasta gamma di ospiti e viene rilevato a un ritmo accelerato in tutto il mondo in diverse colture agricole. Una delle specie vegetali colpite è la peonia (Paeonia lactiflora Pall.). Il virus è asintomatico nella maggior parte delle cultivar di peonia, ma sono stati segnalati sintomi in altre. È quindi importante studiare il CNSV e la sua struttura della popolazione per ottenere informazioni sulla sua evoluzione ed epidemiologia.
I risultati di questo studio, oltre all’analisi approfondita della struttura della popolazione virale, includono lo sviluppo di un protocollo di rilevamento RT-PCR multiplex in grado di amplificare tutte le sequenze di isolati CNSV pubblicate; consentendo un rilevamento accurato e affidabile del virus e salvaguardando i suoi host suscettibili e propagati clonalmente.

PCR digitale con partizione virtuale per applicazioni di conteggio cromosomico ad alta precisione

 

La PCR digitale (dPCR) è la piattaforma analitica standard per la quantificazione rapida e ad alta precisione dei frammenti genomici. Tuttavia, gli attuali saggi dPCR sono generalmente limitati al monitoraggio di 1-2 analiti per campione, limitando così la capacità della piattaforma di affrontare alcune applicazioni cliniche che richiedono il monitoraggio simultaneo di 20-50 analiti per campione. Qui, presentiamo dPCR di partizione virtuale (VPdPCR), una nuova metodologia di analisi che consente il rilevamento di 10 o più regioni target per canale colore utilizzando l’hardware e il flusso di lavoro dPCR convenzionali.
Inoltre, VPdPCR consente agli strumenti dPCR di superare i limiti di quantificazione superiori causati dall’errore di partizionamento. Mentre l’analisi dPCR tradizionale stabilisce un’unica soglia per separare le partizioni negative e positive, la VPdPCR stabilisce più soglie per identificare il numero di bersagli univoci presenti in ciascuna gocciolina positiva in base all’intensità della fluorescenza.
Ogni partizione fisica viene quindi suddivisa in una serie di partizioni virtuali e il conseguente aumento del numero di partizioni riduce sostanzialmente l’errore di partizionamento. Presentiamo sia un’analisi teorica dei vantaggi della VPdPCR che una dimostrazione sperimentale sotto forma di un’analisi 20-plex per il test non invasivo dell’aneuploidia fetale.
Questo test dimostrativo testato su 432 campioni ricavati da DNA di linee cellulari tranciate a più concentrazioni di input e frazioni simulate di DNA “fetale” di euploide o trisomia-21─ viene analizzato utilizzando sia la tradizionale soglia dPCR che la VPdPCR. L’analisi VPdPCR riduce significativamente la varianza del rapporto cromosomico tra i replicati e aumenta l’accuratezza dell’identificazione della trisomia rispetto alla dPCR tradizionale, ottenendo & gt; 98% di sensibilità e specificità a pozzetto singolo. VPdPCR ha notevoli promesse per aumentare l’utilità della dPCR in applicazioni che richiedono una quantificazione di altissima precisione.

Rilevamento del virus del mosaico delle chiazze verdi del cetriolo (CGMMV) nei semi di cucurbitacee mediante RT-PCR

Le infezioni da virus delle piante causano danni a tutti i tipi di colture e provocano enormi perdite economiche e di resa in tutto il mondo. Numerosi rapporti indicano che molti virus delle piante vengono trasmessi verticalmente attraverso i semi e causano gravi sintomi di malattia sulle piantine che fungono di nuovo da fonti di trasmissione secondarie nei campi. Pertanto, è necessario sviluppare metodi efficienti per rilevare i semi infettati da virus. Qui, descriviamo un protocollo RT-PCR per il rilevamento del virus del mosaico delle chiazze verdi di cetriolo (CGMMV), un tobamovirus nei semi delle colture cucurbitacee. Questo metodo può essere facilmente adattato per la diagnosi di altri virus delle piante come il virus della frutta rugosa marrone del pomodoro nei semi.

 

BSA Standard kits

TBS5002 Tribioscience 7x 1ml 45 EUR

Blocking Buffer and Antibody Diluent for Dot Blot and Western Blot Kits

WB-B003 PHOENIX PEPTIDE 50 ml 66.96 EUR

TBST, pH7.6 - Buffer for Dot Blot and Western Blot Kits

WB-B001 PHOENIX PEPTIDE 100 ml 25.92 EUR

TBS, pH7.6 - Buffer for Dot Blot and Western Blot Kits

WB-B002 PHOENIX PEPTIDE 50 ml 18.36 EUR

Detection Reagent A for Dot Blot and Western Blot Kits

WB-B006 PHOENIX PEPTIDE 30 ml 86.4 EUR

Detection Reagent B for Dot Blot and Western Blot Kits

WB-B007 PHOENIX PEPTIDE 30 ml 86.4 EUR

EGTA, Molecular Biology Grade

40500028-2 Glycomatrix 50 g 106.43 EUR

EGTA, Molecular Biology Grade

40500028-3 Glycomatrix 100 g 177.58 EUR

EGTA, Molecular Biology Grade

40500028-4 Glycomatrix 500 g 603.19 EUR

EGTA, Molecular Biology Grade

40500028-5 Glycomatrix 1 kg 912.98 EUR

EGTA, Molecular Biology Grade

40500028-6 Glycomatrix 2 kg 1687.94 EUR

DMSO, Molecular Biology Grade

40470006-1 Glycomatrix 100 mL 88.18 EUR

DMSO, Molecular Biology Grade

40470006-2 Glycomatrix 250 mL 150.19 EUR

DMSO, Molecular Biology Grade

40470006-3 Glycomatrix 500 mL 279.26 EUR

Agarose, Molecular Biology Grade

40100164-1 Bio-WORLD 25 g Ask for price

Agarose, Molecular Biology Grade

40100164-2 Bio-WORLD 50 g Ask for price

Agarose, Molecular Biology Grade

40100164-3 Bio-WORLD 100 g Ask for price

Agarose, Molecular Biology Grade

40100164-4 Bio-WORLD 500 g Ask for price

Agarose, Molecular Biology Grade

40100164-5 Bio-WORLD 1 kg Ask for price

BCIP (Molecular Biology Grade)

CE108 GeneOn 250 mg 75.6 EUR

BCIP (Molecular Biology Grade)

CE109 GeneOn 1 g 108 EUR

CHAPS (Molecular Biology Grade)

CE114 GeneOn 1 g 66 EUR

CHAPS (Molecular Biology Grade)

CE115 GeneOn 5 g 157.2 EUR

CHAPS (Molecular Biology Grade)

CE116 GeneOn 25 g 492 EUR

DAPI (Molecular Biology Grade)

CE117 GeneOn 5 mg 72 EUR

DAPI (Molecular Biology Grade)

CE118 GeneOn 25 mg 159.6 EUR

DAPI (Molecular Biology Grade)

CE119 GeneOn 100 mg 382.8 EUR

Dimethylsulfoxide (Molecular Biology Grade)

CE120 GeneOn 100 ml 66 EUR

 

 

 

 

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