Confronto tra un kit di identificazione commerciale e test biochimici convenzionali utilizzati per l’identificazione di batteri Gram-negativi enterici

Sviluppo e validazione clinica di un test PCR digitale con goccioline per la rilevazione di Acinetobacter baumannii e Klebsiella pneumoniae in pazienti con sospette infezioni del flusso sanguigno

• baumannii e K. pneumoniae in campioni di sangue entro 4 ore, con una specificità del 100% per ciascun ceppo e un limite di rilevamento a 0,93 copie / μl per A. baumannii e 0,27 copie/forl per K. pneumoniae. La convalida clinica di 170 pazienti con sospette BSI ha mostrato che rispetto alle emocolture che hanno rilevato quattro (2,4%) casi di A.
• baumannii e sette (4,1%) casi di K. pneumoniae, la ddPCR ha rilevato 23 (13,5%) casi di A. baumannii, 26 ( 15,3%) casi di K. pneumoniae e quattro (2,4%) casi di coinfezione, inclusi gli 11 casi rilevati tramite emocoltura. Inoltre, i pazienti risultati positivi alla sola ddPCR (n = 42) presentavano concentrazioni sieriche significativamente inferiori di procalcitonina e lattato, punteggi SOFA e APACHE II e mortalità a 28 giorni rispetto a quelli riportati positivi sia tramite emocoltura che ddPCR (n = 11 ).
• suggerendo che i pazienti con sintomi meno gravi possono potenzialmente trarre beneficio dalla diagnosi ddPCR-based. In conclusione, il nostro studio suggerisce che la ddPCR rappresenta un metodo sensibile e rapido per identificare i patogeni causali nei campioni di sangue e guidare le decisioni terapeutiche nelle prime fasi delle BSI.

Sensibilità diversa dei test PCR COVID-19 e conseguenze del rapporto falso negativo: una piccola osservazione

Sviluppo di test multiplex RT-PCR per il rilevamento simultaneo di quattro virus che infettano la mela (Malus domestica)

I principali virus che infettano la mela in tutto il mondo, inclusa l’India, sono il virus del mosaico della mela (ApMV), il virus della pitting dello stelo della mela (ASPV), il virus della scanalatura del gambo della mela (ASGV), il virus della macchia clorotica della mela (ACLSV) e recentemente un nuovo mosaico necrotico della mela della mela . il virus (ApNMV) è stato segnalato dal mosaico cultivar di melo colpite in India. Lo scopo del presente studio era di rilevare l’ApNMV insieme ad altri 3 virus (ApMV, ASPV e ASGV) contemporaneamente attraverso RT-PCR multiplex.

Quattro coppie di primer hanno prodotto ampliconi di 670 bp, 550 bp, 350 bp e 210 bp corrispondenti rispettivamente ad ApNMV, ApMV ASPV e ASGV sono stati trovati specifici per questi virus testati individualmente. La temperatura di ricottura (55 ºC), la concentrazione del primer (0,8 ul) e altri componenti della miscela master sono stati standardizzati per lo sviluppo del saggio m-RT-PCR in un unico passaggio. Il protocollo m-RT-PCR sviluppato è stato ulteriormente convalidato su 30 campioni di sette cultivar di mele sintomatiche o asintomatiche, che hanno rivelato la presenza da 1 a 4 virus in queste cultivar.

La maggior parte dei virus è stata trovata presente da sola o in infezioni miste, tuttavia, l’ASPV era più comune nelle cultivar testate. Il protocollo RT-RCR multiplex facile, conveniente e rapido è stato sviluppato per rilevare 4 virus che infettano le piante di melo sia in infezione mista che individualmente sul campo. Questo test aiuterà nelle indagini, nell’indicizzazione del germoplasma della mela e nella distribuzione di tutti e quattro i virus nelle regioni di coltivazione delle mele dell’India.

Le mutazioni del gene del nucleocapside (N) di SARS-CoV-2 possono influenzare la diagnostica RT-PCR in tempo reale e avere un impatto sui risultati falsi negativi

Rilevamento dell’instabilità dei microsatelliti nei pazienti con cancro del colon-retto con un’analisi PCR in tempo reale basata sul plasma