Confronto tra un kit di identificazione commerciale e test biochimici convenzionali utilizzati per l’identificazione di batteri Gram-negativi enterici

È stato effettuato un confronto tra 11 test biochimici Minitek e corrispondenti terreni in provetta convenzionali con 1.089 isolati di batteri Gram-negativi enterici. La correlazione complessiva tra Minitek e le sostanze biochimiche convenzionali è stata del 97,4%. Minitek ha dimostrato di essere un sistema biochimico miniaturizzato che consente di risparmiare tempo e spazio che può essere utilizzato efficacemente per l’identificazione dei batteri Gram-negativi enterici.

Sviluppo e validazione clinica di un test PCR digitale con goccioline per la rilevazione di Acinetobacter baumannii e Klebsiella pneumoniae in pazienti con sospette infezioni del flusso sanguigno

 

Il tempo di risposta relativamente lungo e la bassa sensibilità della tradizionale diagnosi basata sull’emocoltura possono ritardare un’efficace terapia antibiotica per i pazienti con infezioni del flusso sanguigno (BSI). È urgentemente necessario un metodo di rilevamento dei patogeni rapido e sensibile per ridurre la morbilità e la mortalità associate alle BSI. Acinetobacter baumannii e Klebsiella pneumoniae sono due dei principali microrganismi che causano BSI. Qui riportiamo un nuovo test di reazione a catena della polimerasi digitale (ddPCR) in grado di rilevare A.
  • baumannii e K. pneumoniae in campioni di sangue entro 4 ore, con una specificità del 100% per ciascun ceppo e un limite di rilevamento a 0,93 copie / μl per A. baumannii e 0,27 copie/forl per K. pneumoniae. La convalida clinica di 170 pazienti con sospette BSI ha mostrato che rispetto alle emocolture che hanno rilevato quattro (2,4%) casi di A.
  • baumannii e sette (4,1%) casi di K. pneumoniae, la ddPCR ha rilevato 23 (13,5%) casi di A. baumannii, 26 ( 15,3%) casi di K. pneumoniae e quattro (2,4%) casi di coinfezione, inclusi gli 11 casi rilevati tramite emocoltura. Inoltre, i pazienti risultati positivi alla sola ddPCR (n = 42) presentavano concentrazioni sieriche significativamente inferiori di procalcitonina e lattato, punteggi SOFA e APACHE II e mortalità a 28 giorni rispetto a quelli riportati positivi sia tramite emocoltura che ddPCR (n = 11 ).
  • suggerendo che i pazienti con sintomi meno gravi possono potenzialmente trarre beneficio dalla diagnosi ddPCR-based. In conclusione, il nostro studio suggerisce che la ddPCR rappresenta un metodo sensibile e rapido per identificare i patogeni causali nei campioni di sangue e guidare le decisioni terapeutiche nelle prime fasi delle BSI.

Sensibilità diversa dei test PCR COVID-19 e conseguenze del rapporto falso negativo: una piccola osservazione

Il mondo in generale non può permettersi di perdere nemmeno un singolo caso di COVID-19 a causa delle sue conseguenze di vasta portata; pertanto, lo sviluppo diagnostico per ottenere test con una sensibilità molto più elevata dovrebbe essere reso disponibile a livello di massa il prima possibile.
Come citare questo articolo: Garg SK. Sensibilità diversa dei test PCR COVID-19 e conseguenze del rapporto falso negativo: una piccola osservazione. Indiano J Crit Care Med 2021; 25 (9): 1077-1078.

Sviluppo di test multiplex RT-PCR per il rilevamento simultaneo di quattro virus che infettano la mela (Malus domestica)

I principali virus che infettano la mela in tutto il mondo, inclusa l’India, sono il virus del mosaico della mela (ApMV), il virus della pitting dello stelo della mela (ASPV), il virus della scanalatura del gambo della mela (ASGV), il virus della macchia clorotica della mela (ACLSV) e recentemente un nuovo mosaico necrotico della mela della mela . il virus (ApNMV) è stato segnalato dal mosaico cultivar di melo colpite in India. Lo scopo del presente studio era di rilevare l’ApNMV insieme ad altri 3 virus (ApMV, ASPV e ASGV) contemporaneamente attraverso RT-PCR multiplex.

 

Quattro coppie di primer hanno prodotto ampliconi di 670 bp, 550 bp, 350 bp e 210 bp corrispondenti rispettivamente ad ApNMV, ApMV ASPV e ASGV sono stati trovati specifici per questi virus testati individualmente. La temperatura di ricottura (55 ºC), la concentrazione del primer (0,8 ul) e altri componenti della miscela master sono stati standardizzati per lo sviluppo del saggio m-RT-PCR in un unico passaggio. Il protocollo m-RT-PCR sviluppato è stato ulteriormente convalidato su 30 campioni di sette cultivar di mele sintomatiche o asintomatiche, che hanno rivelato la presenza da 1 a 4 virus in queste cultivar.

La maggior parte dei virus è stata trovata presente da sola o in infezioni miste, tuttavia, l’ASPV era più comune nelle cultivar testate. Il protocollo RT-RCR multiplex facile, conveniente e rapido è stato sviluppato per rilevare 4 virus che infettano le piante di melo sia in infezione mista che individualmente sul campo. Questo test aiuterà nelle indagini, nell’indicizzazione del germoplasma della mela e nella distribuzione di tutti e quattro i virus nelle regioni di coltivazione delle mele dell’India.

 

Le mutazioni del gene del nucleocapside (N) di SARS-CoV-2 possono influenzare la diagnostica RT-PCR in tempo reale e avere un impatto sui risultati falsi negativi

L’attuale pandemia di COVID-19 richiede test massicci mediante Real-time RT-PCR (Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction), che è considerato il test diagnostico standard di riferimento per il rilevamento del virus SARS-CoV-2. Tuttavia, il virus continua ad evolversi con mutazioni che portano ad alterazioni fenotipiche come maggiore trasmissibilità, patogenicità o evasione vaccinale.
Un altro grosso problema sono le mutazioni nei siti di annealing dei primer e delle sonde dei kit diagnostici RT-PCR che portano a risultati falsi negativi. Pertanto, qui identifichiamo mutazioni nel gene (Nucleocapside) che influenza l’uso del kit GeneFinder COVID-19 Plus RealAmp. Abbiamo sequenziato i genomi SARS-CoV-2 da 17 campioni positivi senza rilevamento del gene ma con rilevamento dei geni RDRP (RNA polimerasi RNA-dipendente) ed E (Envelope) e osservato un insieme di tre diverse mutazioni che influenzano la rilevazione : una delezione di 18 nucleotidi (Del28877-28894), una sostituzione di GGG in AAC (28881-28883) e una mutazione frameshift causata dalla delezione (Del28877 -28878).
Quest’ultimo provoca una delezione di sei AA (amminoacidi) localizzati nella regione centrale del disturbo intrinseco a livello proteico. Abbiamo anche trovato questa mutazione in 99 dei 14.346 campioni sequenziati dalla rete statale di San Paolo per l’allarme pandemico delle varianti emergenti di SARS-CoV-2, a dimostrazione della circolazione della mutazione a San Paolo, in Brasile. Il monitoraggio e la caratterizzazione continui delle mutazioni che interessano i siti di annealing di primer e sonde mediante programmi di sorveglianza genomica sono necessari per mantenere l’efficacia della diagnosi di COVID-19.

 

Rilevamento dell’instabilità dei microsatelliti nei pazienti con cancro del colon-retto con un’analisi PCR in tempo reale basata sul plasma

 

Il test di instabilità dei microsatelliti (MSI) è fondamentale per lo screening dell’HNPCC (cancro del colon-retto ereditario non poliposico; sindrome di Lynch) e per l’ottimizzazione del trattamento del cancro del colon-retto (CRC). Il deficit di mismatch repair (MMR) è un predittore per una buona risposta degli inibitori del checkpoint immunitario in varie neoplasie.
In questo studio, abbiamo valutato i risultati di un kit di PCR in tempo reale basato sul plasma di nuova concezione per il rilevamento di MSI nei pazienti con CRC. Abbiamo valutato un test PCR in tempo reale mediato da sonda di acido nucleotidico peptidico (PNA) (U-TOP MSI Detection Kit Plus) che determina lo stato di MSI utilizzando l’analisi di fusione dell’amplicone di cinque marcatori (NR21, NR24, NR27, BAT25 e BAT26) . dal plasma. Sono stati analizzati ottantaquattro pazienti CRC (46 dMMR e 38 pMMR) con cancro del colon-retto.
Il tasso di concordanza della valutazione dello stato di MSI tra il kit plasma e l’IHC è stato del 63,0% nei pazienti con dMMR (29/46), ma nella valutazione del pMMR è stato osservato un tasso di concordanza del 100% (38/38). Nella valutazione delle prestazioni di un kit di rilevamento MSI U-TOP tissutale personalizzato e del kit plasma in 28 pazienti, sensibilità, specificità, PPV (valore predittivo positivo) e NPV (valore predittivo negativo) del kit plasma erano 68,4, 100, 100, e 44,4%, rispettivamente, con il kit di rilevamento MSI U-TOP tissutale. I nostri risultati dimostrano la fattibilità di un kit PCR real-time basato su plasma non invasivo e rapido (U-TOP MSI Detection Kit Plus) per la rilevazione di MSI nel cancro del colon-retto.

 

ELISA test-systems

WM-4 Awareness Technology 1 unit Ask for price

CLIA test-systems

WM-5 Awareness Technology 1 unit Ask for price

BSA Standard kits

TBS5002 Tribioscience 7x 1ml 45 EUR

Chiller for Electrophoresis systems

CSLCHILLER Scientific Laboratory Supplies EACH 6793.2 EUR

Vacuum Filter Systems, 250ml

25-225 Genesee Scientific 12 Systems/Unit 70.66 EUR

Vacuum Filter Systems, 250ml

25-226 Genesee Scientific 12 Systems/Unit 70.66 EUR

Vacuum Filter Systems, 500ml

25-227 Genesee Scientific 12 Systems/Unit 91.47 EUR

Vacuum Filter Systems, 500ml

25-228 Genesee Scientific 12 Systems/Unit 91.47 EUR

Vacuum Filter Systems, 1000ml

25-229 Genesee Scientific 12 Systems/Unit 144.95 EUR

Vacuum Filter Systems, 1000ml

25-230 Genesee Scientific 12 Systems/Unit 144.95 EUR

Sealed Vials Calibration Kits

2659505 Scientific Laboratory Supplies EACH 901.2 EUR

Basic Cytotoxicity Test Kits

CT17001 Neuromics 125 Tests 490.8 EUR

Basic Cytotoxicity Test Kits

CT17002 Neuromics 250 Tests 780 EUR

Total Cytotoxicity Test Kits

CT17003 Neuromics 125 Tests 615.6 EUR

Total Cytotoxicity Test Kits

CT17004 Neuromics 250 Tests 975.6 EUR

Necrosis vs Apoptosis Kits

KF17371 Neuromics 50-100 Tests 522 EUR

Necrosis vs Apoptosis Kits

KF17372 Neuromics 100-200 Tests 921.6 EUR

T&A Cloning Kits

FYC001-20P Yeastern Biotech 1 vial Ask for price

Uncoated Ancillary Reagent Kits

RK04587 Abclonal 20Plates 280 EUR

Carcass Sponge Sampling Kits

SWA1038 Scientific Laboratory Supplies PK95 386.4 EUR

EdU Imaging Kits (Cy3)

K1075-50 ApexBio 50-500 tests 300 EUR

EdU Imaging Kits (Cy5)

K1076-50 ApexBio 50-500 tests 300 EUR

EdU Imaging Kits (488)

K1175-50 ApexBio 50-500 tests 300 EUR

Cryo Shutter for Cryojet Systems

M-CC-330-19 MiTeGen 1 Kit 1305 EUR

WATER SENSOR FOR XL SYSTEMS

TANKLKXL1 Scientific Laboratory Supplies EACH 211.51 EUR

 

 

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